 Benemérita Escuela Nacional de Maestros | — | 24 de febrero de 1887 |
| Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social | — | 1973 |
 Centro de Investigación y Docencia Económicas | Ciudad de México | 1974 |
| Centro Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional, Unidad Michoacán | — | 1984 |
| Centro Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional, Unidad Oaxaca | — | 1984 |
| Centro Nacional de Investigación, Documentación e Información Musical «Carlos Chávez» | — | 1974 |
 El Colegio de la Frontera Norte | — | 1982 |
 El Colegio de la Frontera Sur | — | 1994 |
 Instituto de Ciencias del Mar y Limnología | — | 7 de mayo de 1981 |
| Instituto de Geofísica | — | 21 de febrero de 1945 |
 Instituto de Investigaciones Antropológicas | — | 1973 |
 Instituto de Investigaciones Filosóficas | — | 1940 |
 Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán | — | 12 de octubre de 1946 |
 Instituto Nacional de Medicina Genómica | — | 19 de julio de 2004 |
 Instituto Nacional de Neurología y Neurocirugía | — | 1964 |
| Programa Universitario de Estudios sobre la Diversidad Cultural e Interculturalidad | — | 3 de marzo de 2014 |